V první řadě je důležité, aby byla důsledně iterace monitorována a mohlo být určeno, zda probíhá tak, jak bylo naplánováno. Sledována by měla být i rychlost, s jakou je práce v iteraci prováděna, aby mohly být upřesňovány odhady vytvořené při plánování iterace, popřípadě zahájena opatření, která by pomohla práci urychlit, aby nedošlo k nežádoucímu skluzu.

Průběh iterace i projektu by měl být přehledně zachycen a u každé pracovní položky by měl být evidován její aktuální stav. Sledovány by měly být i metriky, které byly definovány při plánování iterace. Tyto informace by měly být neustále všem dostupné a zároveň by měly být vždy zhodnoceny na setkáních celého projektového týmu

Další součástí řízení iterace je řešení problémů, které byly identifikovány v průběhu iterace. Projektový manažer by se měl snažit, aby především nejzávažnější problémy byly odstraněny co nejdříve, k čemuž napomáhají častá setkání týmu, kde jsou problémy konzultovány. U každého problému by mělo být zjištěno, co ho způsobuje a jaké jsou jeho dopady. Veškeré požadavky na provedení preventivních či nápravných opatření je vhodné zaznamenat do Seznamu pracovních položek a určit, kdo je za ně zodpovědný.

V některých případech se může stát, že problémy, které v iteraci vyvstanou, jsou natolik kritické, že již není možné za stávajících podmínek splnit vytyčené cíle. V tomto případě by měl projektový manažer konzultovat opatření, které je nutné provést se zainteresovanými stranami a po jejich schválení aktualizovat Plán iterace. Řešením obvykle bývá přesunutí úloh s nižší prioritou do následujících iterací. Vždy je však nutné dbát na to, aby přírůstek, který je v dané iteraci vytvářen, stále ještě přinášel zainteresovaným stranám přidanou hodnotu.